Reik sukompiliuot daug programų vienu metu(mano atveju darbastalio aplinka):

#!/bin/bash
aplankai=($(find -maxdepth 1 -type d |sed 's/.///' |sed 's/.//'))
for ((i=0; i<=${#aplankai[@]}; i++))
do
cd ${aplankai[i]}
git pull && ./autogen.sh && make && sudo make install
cd ..
done

aplankai:
darbastalio_aplinka
darbastalio_aplinka/xfce-programa-parsiusta-is-git
darbastalio_aplinka/xfce-programa2-parsiusta-is-git
scenarijus vykdomas aplanke „darbastalio_aplinka“

P.S. mano atveju aplankų pavadinimuose nėra taško, todėl jis pašalinamas(„find“ prie aplankų rodo ir dabartinį t.y. „.“ aplanką) jei aplankuose yra taškas jie nebus apdoroti, nes jų pavadinimai bus blogi ir sakys jog nėra tokio aplanko.